Después del paso de los romanos, que la llamaron "Frexiniana" que significa "villa de Frexinius" del que no se sabe nada.
En el año 711 con el desembarco del capitán bereber Tarik en Gibraltar, se inició la conquista musulmana, configurando el actual casco antiguo.
En 1485 fue reconquistada por los Reyes Católicos.
En 1568 se produjo la rebelión de los moriscos, que fueron derrotados en 1569 en la batalla del Peñón de Frigiliana.  Tras la expulsión de los moriscos, pasó a manos de Iñigo Manrique de Lara (primer Conde de Frigiliana), que repobló estas tierras con cristianos viejos procedentes de Jaén.
En 1640 por orden de Felipe IV se independizó de la jurisdicción de Vélez-Malaga, formando municipio independiente.
En 1883 perteneció definitivamente a la provincia de Málaga, ya que hasta entonces dependía indistintamente de la Intendencia de Málaga o de la Real Chancillería de Granada.

Conserva un casco urbano morisco-mudéjar premiado repetidas veces por su excelente mantenimiento, como el "Primer Premio Nacional de embellecimiento de los Pueblos de España", por lo que se le considera como el conjunto arquitectónico popular de origen árabe más puro de la provincia de Málaga.

Este pueblo sigue siendo un gran desconocido, puesto que el andar por sus calles limpias, empinadas y con los balcones llenos de flores, es una maravilla.  Mucha gente se desplaza desde Nerja para saborear la comida típica del pueblo.