Fue fundada en 875 por el rebelde musulmán muladí Ibn-Marwan el Chilliqui con el nombre de "Betallyos". A partir del S.X se convirtió en la capital del reino taifa de la familia de los Bau al-Aftgas o aftasíes. En 1094 fue conquistada por los almorávides y posteriormente por los almohades. En 1230 fue reconquistada por el rey Alfonso IX de León. En 1289 hubo una cruenta batalla entre los Portugueses y los Bejaranos. Tras la victoria de la batalla de Aljubarrota, los portugueses conquistaron la ciudad, aunque no por mucho tiempo. Estos continuos enfrentamientos con Portugal motivaron el traslado de la Intendencia de Extremadura, de Mérida a Badajoz. De aquí partió en 1580 el rey Felipe II para anexionarse Portugal, por lo que aquí se trasladó la corte y murió la reina Ana de Austria. Durante la Guerra de la Independencia en el S.XIX, sufrió tres asedios, el francés, las tropas aliadas y el inglés. En 1936 durante la Guerra Civil, su conquista supuso comunicar los territorios sublevados del norte con los del sur.