Los árabes la llamaron "Qalat" que significa castillo.  En el Voto de Fernán González se le llama "Kelle".  La historia de Quel aparece unida con la de Arnedo y Autol.  En 1040 el rey de Pamplona-Nájera (anterior al reino de Navarra), García el de Nájera, donó a su mujer, sus posesiones en el Valle del Cidacos, que los poseía en señorío Fortún Ochoa.  En 1060 el señor de Quel era Fortún Garcés.  Durante siglos, está ligado a las guerras de los reinos de Navarra, Castilla y Aragón, por el dominio de estas tierras.  Tras la muerte del rey Sancho el de Peñalén, pasó a dominios del rey de Castilla Alfonso VI, pero pronto pasaría a formar parte de la Corona de Aragón.  Ambos reinos se sometieron a un arbitraje del rey inglés Enrique II, que falló a favor de Castilla, por lo que pasó definitivamente al reino de Castilla.  En 1455 Leonor Telléz vendió el señorío de Quel a García Sáenz de Alfaro, que tras su muerte, sus herederos lo dividieron en dos pueblos diferentes: Quel de Yuso y Quel de Suso, hasta que en 1835 se volvió a unir el pueblo.  Perteneció a la provincia de Soria, hasta que en 1833 se creó la provincia de Logroño.