Su nombre puede proceder del antropónimo romano "Abilius" con desinencia esse en lugar de us, ya que en algunos escritos aparece como "Avilles" y "Abilies".
En el S.X está protegido por el Castillo de Gauzón, construido por el rey Alfonso III el Magno, para la defensa del puerto y de las incursiones piratas.
En 1085 el rey Alfonso VI le concede el Fuero, dándole la categoría de "Villa de Realengo", consiguiendo una serie de privilegios, como celebrar ferias y un mercado semanal.
En 1479 se produce un gran incendio, por lo que los Reyes Católicos le conceden varias mercedes para ayudar a su recuperación.
En 1818 se tira abajo la muralla.
En 1951 se instalan grandes fábricas industriales.
En 1981 fue declarada Zona de Atmósfera Contaminada, pues fue la ciudad española más contaminada, lo que producía un alto número de enfermos de asma, sólo superada por la ciudad polaca de Katowice.