En 1032 el rey Bermudo III de León permutó con los Condes de Piniolo y Aldonza, la mitad del territorio.
En 1230 el rey Fernando III unió los reinos de León y Castilla, fue separado de Asturias y agregado a tierras castellanas, en la merindad denominada "Asturias de Santillana", aunque eclesiásticamente seguía dependiendo del Obispado de Oviedo.
en 1340 el rey Alfonso XI le otorga el Fuero por el cual podían nombrar a sus representantes, apareciendo el poder señorial de los Aguilar, que ostentaron el Señorío de Peñamellera.
En 1514 formó parte junta con San Vicente de la Barquera, de una jurisdicción independiente.
En 1749 fue agregado a la intendencia de Burgos y Bastón de Laredo.
En 1833 vuelve a depender de Asturias, merced a la nueva distribución territorial de España.
En 1869 el pueblo de Allés se convirtió en la capital de Peñamellera Alta, tras el acuerdo de partición de las dos Peñamelleras.